大約5.5萬年前，人類來到澳大利亞；4.5萬年前，牛頓巨鳥與其他數10種巨型物種一起滅絕，包括有袋獅子和大袋鼠。但只有間接證據將它們的滅絕與人類到來聯繫起來。儘管北美人類留下了狩獵和屠宰大型動物的明確證據，例如，猛獁象遺骸中有切割痕跡的骨頭或石頭彈射點，但這些在澳大利亞的動物遺骸中都不存在。
2016年出現了一個可能的確鑿證據，當時研究人員將澳大利亞南部和西部海岸附近的被灼燒的蛋殼與牛頓巨鳥聯繫起來。“很多（蛋殼）被燒毀，這意味著它們被人類食用了。”論文合著者、科羅拉多大學博爾德分校地球科學家Gifford Miller說。
但其他研究人員認為，這些蛋殼太小太薄，不可能屬於牛頓巨鳥，並認為它們屬於另一種與雞和火雞有遠親關係的小型鳥類。
“為了證明這些蛋殼（大小與鴯鶓蛋或小型鴕鳥蛋差不多）屬於巨鳥，我們需要一些獨立的方法。”Miller說。研究團隊試圖從化石蛋殼中提取古代DNA，但尚未取得結果。與Miller一起鑒定蛋殼的意大利都靈大學蛋白質組學專家Beatrice Demarchi說：“蛋殼太老，而氣候又太熱。”於是，研究小組轉而研究蛋殼蛋白質。
蛋殼在鳥的輸卵管內迅速形成－－24小時便可將蛋白質捕獲到形成蛋殼的鈣和礦物晶體中。Demarchi說，這些蛋白質“不受環境污染的影響，只受溫度和時間的影響”，基於此，科學家能恢復與蛋形成有關的蛋白質殘留物。
Demarchi說，當研究小組將這些蛋白質序列與現代鳥蛋中的蛋白質序列進行比較時，發現兩者完全不同，前者甚至不屬於所有現存陸地鳥類的群體。研究人員在論文中寫道，這使得被認為是鴨子遠親的牛頓巨鳥成為唯一可能。
並未參與這項研究的Worthy對結果印象深刻。“研究人員很好地接受了挑戰－－蛋白質的證據似乎相當有力。”
但由於骨骼證據不足，謎團依然存在：為什麼這麼大的鳥會產下相對較小的薄殼蛋？“如果他們是對的，那麼就是說一種非常大的鳥，它的蛋卻是已知的鳥類中最小的。”Worthy說，“我們可能需要在一組巨鳥遺骸旁發現一個蛋殼來鞏固這種聯繫。”
燒灼的蛋殼表明，第一批到達澳大利亞的人會偷蛋並吃掉－－而不是直接與大鳥搏鬥。“人類很有可能成功地將鳥類趕出巢穴。”Miller說，“導致物種滅絕的最有效方法就是捕捉它們的幼崽。”◆
